O candidato do Novo ao Palácio do Planalto, João Amoêdo, afirmou ter dificuldades em apoiar Jair Bolsonaro (PSL) ou Fernando Haddad (PT) caso os dois cheguem ao segundo turno das eleições. Em relação a Bolsonaro, Amoêdo disse não ter visto grandes realizações em seus mandatos como deputado federal e que, além de tudo, elogiou torturador.

Candidatos do Novo a cargos de deputados reprovaram a conduta de Amoêdo por acharem que, ao criticar Bolsonaro, poderá ser associado a alguém favorável ao PT. Aliados de Amoêdo dizem que ele precisa defender seus ideais e sua candidatura. Se não fizer isso, os eleitores irão preteri-lo e poderão optar por candidatos a deputados de outras legendas.