Durante um ano e cinco meses em que ele permaneceu no governo, a relação com o presidente foi sempre de idas e vindas. A promessa inicial de que teria carta-branca no governo para nomear e conduzir o combate ao crime organizado e à corrupção transformou-se em tensão pública entre os dois em diversos momentos.

Uma das primeiras medidas tomadas por Bolsonaro foi editar o decreto que facilita as regras para o cidadão obter a posse de arma de fogo, o que permite guardá-la em casa ou em estabelecimento comercial do qual seja dono.

O texto foi redigido primeiro pelo Ministério da Justiça, e Segurança, sob supervisão de Sergio Moro, e depois foi concluído pela Casa Civil, A forma final do decreto, no entanto, divergiu em pontos importantes nos dois ministérios. As sugestões de Moro acabaram ficando de fora.