Apesar de enfrentar, há anos, o problema da falta de vagas em suas prisões, o governo do Maranhão devolveu quase R$ 24 milhões à União por não ter conseguido executar, em tempo hábil, os projetos de construção de um presídio e de duas cadeias públicas. Juntas, as cadeias de Pinheiro e de Santa Inês e o Presídio Regional de Pinheiro acrescentariam 681 vagas ao sistema carcerário maranhense.
De 1998 a 2012, o Departamento Penitenciário Nacional (Depen), do Ministério da Justiça, e o governo do estado assinaram nove convênios para construção de presídios, entre eles os três que tiveram os projetos cancelados. Juntos, os nove convênios totalizam R$ 50.749.830,00. Subtraídos os R$ 23.962.399,00 devolvidos ao Depen, o governo estadual aplicou pouco mais de R$ 26 milhões dos recursos federais recebidos por meio de contratos assinados nos últimos 15 anos – alguns deles ainda estão em vigor e há obras em andamento. Existem ainda contratos que beneficiam o sistema carcerário maranhense, com o aparelhamento de unidades prisionais, realização de mutirões de execução penal e instalação de centrais de acompanhamento de penas alternativas.
Os contratos não cancelados destinam recursos para as seguintes obras: construção das penitenciárias de João Lisboa (R$ 1 milhão, em 1998) e de São Luís (R$ 2,061 milhões, em 2000); do Presídio Regional de Pedreiras (R$ 1,581 milhão, entre 2001 e 2002). Em 2007, foram assinados os contratos para a construção da Penitenciária de Imperatriz (R$ 6,508 milhões), da Penitenciária Feminina de Pedrinhas, em São Luís (R$ 9,446 milhões), e para ampliação do Presídio de São Luís (R$ 5,641 milhões).
De acordo com dados do Tribunal de Justiça do Maranhão (TJ-MA), o estado fechou o ano passado com 2.562 vagas a menos que o número de detentos. Em 19 de dezembro de 2012, a população carcerária maranhense chegava a 5.466 pessoas. Desse total, 1.555 cumpriam pena em delegacias.
O juiz da Vara de Execuções Penais Fernando Mendonça, indicado para assumir a coordenação do Grupo de Monitoramento Carcerário do tribunal, há mais de 12 mil mandados de prisão à espera de cumprimento no estado.
Em nota, o governo maranhense informou ter devolvido os R$ 17 milhões necessários à construção da Cadeia Pública de Santa Inês e os R$ 5,314 milhões destinados à construção da Cadeia Pública de Pinheiro, porque, até março do ano passado, o Depen ainda não tinha definido a maneira como o Executivo estadual poderia usar os mais de R$ 22 milhões. Segundo o governo maranhense, o impasse surgiu enquanto se discutia se as duas unidades deveriam ser construídas pelo método convencional ou em módulos. Os dois convênios assinados com o Depen tinham caráter emergencial.
Em abril, a Secretaria estadual de Justiça e Administração Penitenciária  (Sejap) apresentou ao Depen um novo projeto de construção modular das unidades. Pendências técnicas e burocráticas impediram a aprovação das propostas, retardando o início das obras. No fim de junho, venceu o prazo legal para que os recursos empenhados até 31 de dezembro de 2011, e ainda não gastos, fossem aplicados.
“Ou seja, não foi uma devolução, mas sim um cancelamento”, diz o governo estadual na nota, assegurando ter projetos para construção de mais nove presídios, como a Penitenciária de Imperatriz, obra para a qual foi assinado um convênio de R$ 6,5 milhões, ainda em 2007, e que, de acordo com o governo estadual, já está com 80% da obra concluída. “Os convênios para Pinheiro e Santa Inês foram atingidos por uma lei geral que desconsiderou a excepcionalidade dos casos e uma longa sequência de impedimentos que inviabilizaram o prosseguimento do projeto”. Procurado para comentar o cancelamento do contrato de construção do Presídio de Pinheiro, o governo maranhense ainda não se manifestou.
Segundo o Ministério da Justiça, o dinheiro repassado ao governo maranhense desde 1998 permitiu que a Sejap criasse 2.285 vagas prisionais. Os recursos empenhados a partir de 2011 são provenientes do Programa Nacional de Apoio ao Sistema Prisional. Em 2013, no entanto, o governo estadual e o Depen não assinaram novos contratos ou convênios.