Nessa segunda passagem pelo clube do Mutange, Cleyton disputou 18 partidas e marcou quatro gols, sendo três no Campeonato Alagoano e um na estreia da Copa do Nordeste, na vitória por 3 a 0, diante do ABC, no Estádio Rei Pelé.

Cleyton Rafael Lima da Silva chegou ao Azulão em 2016, para a disputa do campeonato estadual e marcou três gols. Com o vice-campeonato na temporada passada, o CSA conquistou o acesso para a Série D, e o meia foi um dos destaques na campanha que deu o acesso do clube para a Série C, ao marcar oito gols, sendo o vice-artilheiro da competição nacional. Depois da quarta divisão, Cleyton se transferiu para o Paysandu, onde disputou a Série B do Brasileiro.

Na pré-temporada para as competições deste ano, Cleyton acertou o retorno para o Azulão, mas não conseguiu se firmar na equipe do técnico Oliveira Canindé e virou alvo de críticas por parte de alguns torcedores.